A. W PREZBITERIUM z dawnego wyposażenia gotyckiego pozostały tylko wspaniałe stalle, bogato rzeźbione w drzewie dębowym, z początku XV w. Stalle te zachowane w doskonałym stanie znajdują się po obu stronach prezbiterium (l). Niegdyś nad stallami wisiały malowane tarcze z herbami patrycjuszy toruńskich, znajdujące się obecnie w miejscowym muzeum. Ołtarz wielki z 1731 r. ze sceną Zwiastowania (2), składa się z olbrzymiej korony z krzyżem wspartej na złoconych kolumnach. Lekka, ażurowa konstrukcja tego dzieła rokokowego silnie kontrastuje z surową prostotą gotyckiego wnętrza. Z tego samego okresu (1731 r.) pochodzi wspaniały łuk tęczowy z postaciami z kalwarii (3), wsparty na ciemnych, pilastrowanych filarach (krucyfiks nowy z 1931 r.). W ścianie północnej marmurowy portal barokowy z figurami alegorycznymi i herbami Wazów, Szwecji i Gotlandii zamknięty drewnianą, rokokową kratą z ok. 1750 r. Prowadzi on do mauzoleum Anny Wazówny (4), wzniesionego w formie owalnej kaplicy w 1636 r., przez bratanka, króla Władysława IV. Ściany mauzoleum i sarkofag wykonane z czarnego marmuru, natomiast postać leżącej królewny z białego alabastru. Po tejże stronie nad stallami renesansowe epitafium patrycjuszowskiej rodziny toruńskiej von der Linde, wykonane po 1584 r. W bogato rzeźbionej ramie, u góry z alabastrową płaskorzeźbą przedstawiającą wjazd Chrystusa do Jerozolimy, mieści się malowany na drzewie obraz środkowy ze sceną Sądu Ostatecznego i realistycznie sportretowaną rodziną na pierwszym planie (5). Obok kamienne epitafium barokowe z 1638 r. chirurga toruńskiego Antoniego Stadtlandera i jego małżonki, z plaskorzeźbioną sceną Wskrzeszenia Łazarza (6). Na południowej ścianie prezbiterium wiszą nad stallami: drewniane epitafium pułkownika Wolfa Pistorisa z 1703 r. bogato zdobione panopliami (7) oraz tablica z portretami Brygidy z Czapskich Zielińskiej i jej małżonka z 1801 r. (8).
B. ZAKRYSTIA jest najstarszą częścią kościoła (koniec XIII w.). Ma ona formę kaplicy ośmiobocznie zamkniętej i posiada dwie kondygnacje: dolna mieści właściwą zakrystię, górna zaś była zapewne skarbcem. Na uwagę zasługuje piękne gwiaździste sklepienie z pięcioma rzeźbionymi zwornikami.
C. W NAWIE GŁÓWNEJ, przy wejściu do zakrystii, wielki krucyfiks późnogotycki z l ćwierci XVI w., pochodzący z dawnego luku tęczowego (9). Przed prezbiterium, po stronie południowej, czarna marmurowa chrzcielnica z początku XVIII w. (10). Przy trzecim filarze po stronie północnej późnorenesansowa bogato rzeźbiona ambona z 1605 r. (11). Obok wielkie marmurowe epitafium barokowe Anny z Leszczyńskich Potockiej (zm. 1653 r.) (12). Powyżej, nad emporą z rzeźbioną balustradą gotycką, potężne organy późnorenesansowe z 1609 r. o bogato rzeźbionej dekoracji figuralno-ornamentalnej (13). Przy ścianie zachodniej nawy, z obu stron głównego wejścia, część stall gotyckich z prezbiterium (14). Wszystkie ołtarze boczne umieszczone przy filarach środkowych nie przedstawiają większej wartości artystycznej.
D. NAWA PÓŁNOCNA jest dawnym krużgankiem klasztornym, oddzielonym łukami od nawy głównej. Godne zwłaszcza uwagi są piękne sklepienia krużganku, nad którym mieści się emporą. Część krużganku, biegnąca ku północy, jest obecnie kaplicą z ołtarzem św. Wawrzyńca (15).
E. W NAWIE POŁUDNIOWEJ, na skarpach wewnętrznych, częściowo odsłonięte spod tynku w końcu XIX w., gotyckie malowidła z końca XIV w. Przedstawiają one monumentalne postacie, stojących na tle fantastycznej architektury świętych: Michała-Archanioła, Gabriela-Archanioła, św. Jana Chrzciciela, Chrystusa przy Kolumnie, MB Bolesnej, św. Szczepana, św. Andrzeja, św. Krzysztofa, św. Wawrzyńca, św. Marii Magdaleny i św. Elżbiety turyńskiej. Malowidła te ujawniają silne wpływy sztuki czeskiej. Pod oknem, koło wejścia w ścianie wschodniej nawy południowej, renesansowe epitafium drewniane burmistrza i burgrabiego toruńskiego doktora Marcina Mochingera i jego małżonki z końca XVI w., z obrazem środkowym przedstawiającym Wskrzeszenia Łazarza (16). Poniżej pod ścianą stalle gotyckie. Pod następnym oknem wczesnobarokowe epitafium Krzysztofa i Jana Strobandów z końca XVI w. w formie dwudzielnej tablicy napisowej z alegorycznymi figurami Wiary, Miłości i Nadziei (17). Dalej kamienny nagrobek Jana Mucka von Muckendorf (po 1633 r.) ucznia gimnazjum toruńskiego, zdobiony barokową dekoracją ornamentalno-figuralną (18). Pod ostatnim oknem ściany południowej, tuż nad posadzką, fragmenty nagrobka przyściennego braci Tylickich (starosty rogozińskiego i podczaszego kaliskiego (z 1615 r.). Nagrobek ten, przeniesiony ze zburzonego kościoła dominikańskiego, składa się z dwóch leżących postaci uśpionych rycerzy w zbrojach oraz tablicy napisowej (19). Powyżej renesansowe (po 1581 r.) epitafium piwowara toruńskiego Macieja Neissera i jego małżonki, dzieło trzech synów zmarłego: malarza Fabjana, rzeźbiarza Macieja i literata Jerzego. W pięknej bogato rzeźbionej ramie mieści się obraz środkowy ze sceną Chrztu Chrystusa w Jordanie (w tle widok Torunia) oraz dolny - przedstawiający zmarłego z rodziną we wnętrzu hali kościelnej. (20). Na ścianie zachodniej tejże nawy epitafium Doroty Tidecke zm. 1633 r. (21). Obok we wnęce, mały rokokowy ołtarz z ok. 1770 r. z obrazem Chrystusa Bolesnego. Obraz ten, jak wskazuje napis, pochodzi z jednego z zamków króla Jana III Sobieskiego (22).
A. W PREZBITERIUM z dawnego wyposażenia gotyckiego pozostały tylko wspaniałe stalle, bogato rzeźbione w drzewie dębowym, z początku XV w. Stalle te zachowane w doskonałym stanie znajdują się po obu stronach prezbiterium (l). Niegdyś nad stallami wisiały malowane tarcze z herbami patrycjuszy toruńskich, znajdujące się obecnie w miejscowym muzeum. Ołtarz wielki z 1731 r. ze sceną Zwiastowania (2), składa się z olbrzymiej korony z krzyżem wspartej na złoconych kolumnach. Lekka, ażurowa konstrukcja tego dzieła rokokowego silnie kontrastuje z surową prostotą gotyckiego wnętrza. Z tego samego okresu (1731 r.) pochodzi wspaniały łuk tęczowy z postaciami z kalwarii (3), wsparty na ciemnych, pilastrowanych filarach (krucyfiks nowy z 1931 r.). W ścianie północnej marmurowy portal barokowy z figurami alegorycznymi i herbami Wazów, Szwecji i Gotlandii zamknięty drewnianą, rokokową kratą z ok. 1750 r. Prowadzi on do mauzoleum Anny Wazówny (4), wzniesionego w formie owalnej kaplicy w 1636 r., przez bratanka, króla Władysława IV. Ściany mauzoleum i sarkofag wykonane z czarnego marmuru, natomiast postać leżącej królewny z białego alabastru. Po tejże stronie nad stallami renesansowe epitafium patrycjuszowskiej rodziny toruńskiej von der Linde, wykonane po 1584 r. W bogato rzeźbionej ramie, u góry z alabastrową płaskorzeźbą przedstawiającą wjazd Chrystusa do Jerozolimy, mieści się malowany na drzewie obraz środkowy ze sceną Sądu Ostatecznego i realistycznie sportretowaną rodziną na pierwszym planie (5). Obok kamienne epitafium barokowe z 1638 r. chirurga toruńskiego Antoniego Stadtlandera i jego małżonki, z plaskorzeźbioną sceną Wskrzeszenia Łazarza (6). Na południowej ścianie prezbiterium wiszą nad stallami: drewniane epitafium pułkownika Wolfa Pistorisa z 1703 r. bogato zdobione panopliami (7) oraz tablica z portretami Brygidy z Czapskich Zielińskiej i jej małżonka z 1801 r. (8).